Seperti halnya jemaat GKSBS lainnya, GKSBS Way Mili terbentuk oleh kerinduan orang-orang Kristen transmigran untuk bersekutu bersama saudara seiman lainnya. Keberadaan penduduk di Way Mili tidak lepas kaitannya dengan pemukiman di Sribhawono yang dibuka pada bulan September 1952. Pada saat itu para veteran perang yang terdiri dari 200 keluarga bermukim di Sribhawono. Pada tahun 1955, jumlah penduduk mencapai 440 keluarga.
Di gereja Sribhawono, Pdt. Abner Siswosoewito dipanggil untuk datang ke lampung dan ditahbiskan menjadi pendeta jemaat pada tanggal 22 Agustus 1962. Pendeta Abner adalah pendeta yang nantinya akan membantu pelayanan jemaat rintisan di Way Mili.
Pada tahun 1963, wilayah Way Mili dibuka menjadi pemukiman dan 2 tahun setelah pembukaan lahan untuk pemukiman, pada tanggal 12 September 1965 bangunan gereja berdiri. Bangunan gereja pada masa awal berdiri sangat sederhana, berdinding geribik dan beratap alang-alang. Tokoh-tokoh jemaat Kristen di desa Way Mili, yaitu bpk. Supomo dan bpk. Praminoto kemudian diutus untuk menemui dan meminta kesediaan Pdt. Abner yang saat itu berbasis pelayanan di Sribhawono, untuk melayani warga kristen di desa Way Mili. Pdt. Abner kemudian melayani di Way Mili selama dua tahun (1965-1967).
Pada tahun 1975, warga Kristen di Way Mili menjadi jemaat dewasa dan bernama GKL Way Mili. Wilayah pelayanannya mencakup : Way Mili, Bandar Mas, Pulo Meranti, Libau, Karya tani, Lebak Danau, dan Asahan. Baru pada tahun 1979, kelompok Pulosari bergabung dengan GKL Way Mili. Sekitar tahun 1980, bangunan gereja permanen didirikan di desa Way Mili. Pembangunan gereja juga turut dibantu warga non-kristen.
Pada tahun 1981, Pdt. Jayeng Pratiwi yang sebelumnya melayani di Rantau Rasau (1973), datang untuk melayani jemaat di Way Mili. Pdt. Jayeng melayani selama 22 tahun dan mengakhiri tugas (emeritasi) di GKSBS Way Mili pada tahun 2003.
GKL Way Mili yang sejak tahun 1987 berubah nama menjadi GKSBS Way Mili kemudian memproses sdr. Wiyamta, S.Th. menjadi Pendeta jemaat dan ditahbiskan sekitar tahun 2004-2005. Pdt. Wiyamta melayani GKSBS Way Mili selama kurang lebih 10 tahun dan kemudian berpindah wilayah pelayanan ke GKSBS Silampari, Musirawas, Sumatera Selatan. Selanjutnya GKSBS Way Mili dilayani oleh pendeta konsulen. Para pendeta yang tercatat pernah atau masih menjadi pendeta konsulen GKSBS Way Mili adalah Pdt. Yunus, Pdt. Joko Sudomo, Pdt. Ponidi H.S, Pdt. Surahmat Hadi, Pdt. Ignatius Sugiarso, dan Pdt. Eko Puji Cahyono.
Pada saat ini GKSBS Way Mili mencakup 6 (enam) wilayah pelayanan dengan enam gedung gereja, yaitu :
- Way Mili (1965)
Daerah Way Mili dibuka untuk menjadi pemukiman mulai tahun 1963. Para pendatang berasal dari berbagai wilayah, terutama Sribhawono yang telah lebih dahulu dibuka dan berada dekat dengan Way Mili (Transmigrasi Lokal). Jumlah warga Kristen mula-mula di Way Mili sebanyak 25 pemuda yang berasal dari Jember.
“Transmigrasi Lokal” adalah perpindahan penduduk atau pendatang dari wilayah transmigrasi yang satu ke wilayah transmigrasi yang lainnya. “Transmigrasi sosial” adalah program kementerian sosial untuk menangkap para tunawisma yang ada di kota besar di pulau jawa, untuk kemudian dipindahkan wilayah-wilayah pembukaan transmigrasi. Sementara “Transmigrasi Spontan”, adalah Transmigrasi yang dilakukan diluar program pemerintah, atau dilakukan dengan upaya sendiri. Hoogerwerf, hal 38. Penggerak warga kristen mula-mula adalah : bpk. Supomo, bpk. Praminoto, bpk. Harnowo, bpk. Sukarji, bpk. Triatmojo, bpk. Pramintoyo, bpk. Suprapto, bpk. Kuncoro.
- Pulo Meranti atau Trimulyo (1975)
Warga kristen di Pulo Meranti mula-mula terdiri dari 7 (tujuh) kepala keluarga. Penggerak mula-mula adalah : bpk. Tukimin, bpk. Jadmiko, mbah Tri.
- Pulosari (1978)
Awalnya ibadah dilakukan di rumah warga Kristen yang berasal dari Way Mili. Hingga akhirnya pada tahun 1978/1979 berpindah ke tempat ibadah yang saat ini dekat dengan jalan lintas timur. Sementara gedung gereja yang ada saat ini dibangun pada tahun 1991. Warga kristen mula-mula di Pulosari berjumlah 7 (tujuh) kepala keluarga, yaitu kel. mbah Misno, kel. Suparno Adi, kel. Jaya, kel. Harjo, kel. Wartoyo, dan kel. Wusno.
Pertemuan kelompok Pulosari dengan kelompok lain dari Way Mili terjadi pada tahun 1979, ketika diadakan seminar agama dengan peserta dari berbagai gereja (termasuk dari Katolik, pentakosta, protestan dll). kemudian disepakati untuk menjalin komunikasi antara Pulosari dan kelompok Way Mili. Hingga akhirnya pada tahun 1980 ketika pdt. Jayeng melayani daerah Way Mili, kelompok Pulosari sudah menjadi satu daerah pelayanan dengan Way Mili. Penggerak mula-mula adalah : bpk. Misnoharjo, bpk. Suparno Adi, bpk. Purwadi.
- Negara Saka atau Sambi Rejo (1979)
Warga kristen mula-mula di negara saka berjumlah 8 (delapan) kepala keluarga. Penggerak mula-mula adalah : bpk. Suroso, bpk. Martoyo, ibu Saodah, bpk. Sukiman. Pendirian gereja di wilayah negara saka atau sambirejo menurut informasi mendapat pertentangan dari masyarakat.
- Karya Makmur (1985)
Warga kristen mula-mula di wilayah Karya Makmur berjumlah 5 (lima) kepala keluarga. Penggerak mula-mula adalah : bpk. Sundrio dan bpk. Subali.
- Rejomulyo (1994)
Warga kristen mula-mula di wilayah Rejomulyo berjumlah 7 (tujuh) kepala keluarga. Penggerak mula-mula adalah bpk. Noto, bpk. Sumidi, bpk. Elio.
Selain keenam wilayah tersebut, tercatat ada satu wilayah yang pernah menjadi bagian GKSBS Way Mili. Wilayah itu bernama Pekawatan. Sebelumnya pekawatan termasuk dalam bagian GKSBS Sribhawono. Oleh karena permasalahan keamanan pada tahun 2000-an, pekawatan menjadi bagian GKSBS Way Mili. Hingga akhirnya pada tahun 2003 kembali lagi menjadi bagian dari GKSBS Sribhawono.
Kini GKSBS Way Mili terdiri dari 102 kepala keluarga yang tersebar di 6 wilayah pelayanan dan meliputi 4 (empat) kecamatan yaitu kecamatan Gunung Pelindung, kecamatan Labuhan Maringgai, kecamatan Jabung, dan kecamatan Pasir Sakti.